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兩岸已進入ECFA 時代，但中國不願遵守國際《巴黎公約》規定而以《兩岸智慧財產權協議》處理，這對台灣人在專利權及商標權申請時的國際優先權上，不僅未能由此獲利，卻將反受其害。
在兩岸簽訂ECFA 漸漸自由互相投資設廠後，若再因兩岸租稅協定之簽訂而無租稅上誘因時，甚多台商將西進中國以利用中國的低生產成本。但是台商研發與營運西進的結果顯示，將對我國智慧財產權管理甚為不利。
我國加入WTO 後，根據WTO 所引用之《巴黎公約》，中國本須賦予我國國民在專利權及商標權申請時的國際優先權，但中國至今仍因其乃「國際」優先權而不願遵守該規定，現在以《兩岸智慧財產權協議》所返還者不僅本是我國原應有的待遇，而且為根據兩岸協議所賦予的「國內」優先權而非根據《巴黎公約》的國際優先權。優先權有國際與國內優先權的區別。某一申請僅構成自己國內另一較後申請的優先權稱為國內優先權。
根據《巴黎公約》第四條第A項第一款之規定，就工業財產權（含專利權及商標權）之註冊申請，《巴黎公約》會員國的屬民（含國民與在該國有事實上營業所者）在會員國中首先依規定提出申請者，在其他會員國內享有優先權。此為國際優先權，然須須符合以下三個前提要件：
一、申請人於申請時須為會員國的屬民，其為數人者，皆須屬屬民。
二、該首先申請的國家須屬《巴黎公約》的會員國，而且須申請時已屬之，若是嗣後該國才加入《巴黎公約》，則以加入時為優先權計算時點。
三、須該申請符合規定，而符合規定與否乃根據該最先提出申請國的法律判斷之，而且此一申請可以是透過專利合作公約或歐體專利公約的申請。
由此可見，第一個申請不必在申請人的本國為之，而是在屬《巴黎公約》會員國的外國內首先申請者亦可享有優先權。而且，根據《巴黎公約》
第四條第A項第三款之規定，最先申請案之嗣後命運如何（例如經撤回或被駁回）對已主張並成立之優先權並不生影響。
植物品種權及有關動植物的專利權各國仍採屬地主義，此造成我國種苗技術研發者若未在中國及時申請則被搶先申請註冊或直接加以利用培植，然後出口到國外搶我國市場。我國品種開發業者現在乃以生物科技之F2方法（該品種第二代以後會基因不穩定而不能控制其品質）保障利益。
ECFA 對此一情況並未加以改善。
我國二○○二年加入WTO 至今近十年，我國業者即使西進亦多兩岸設廠並將研發與營運總部設在台灣。除營利事業所得稅之考量原因外，留部分生產線在台灣不僅有利於「台灣接單（收款）、中國出貨」仍標MIT 之原產地標示作業方便性，其亦有利於研發。這是因為我國技術發明相當依賴實際作業才能知道實作時之盲點，亦唯有實作才能不斷改良該技術。而我國企業乃製造較強而設計較弱，因此，我國業者之發明常為歐美日技術實際運用時所須克服的周邊技術或其改良發明，因此，我國的研發相當依賴工廠實作而非純粹研究室的實驗。
我國業者有此方面的技術便獲得與歐美日企業交叉授權的折衝談判力。這是我國企業能在國際舞台有一席之地的著力點。簽訂ECFA 後，我國中小企業大量西進，而留在台灣者乃較不須作研發的塑膠、石化、鋼鐵等產業，而西進的企業既在中國作研發，很多營業秘密（技術know-how）將很容易被當地技術研發人員所知悉，在中國不嚴格執行智慧財產權法的情況下，我國業者將蒙受其害。
與中國簽訂ECFA 而提高兩岸智慧財產權保護標準，並加強對其落實的要求，理論上對我國的智慧財產權保護有利，然而在實務執行面，我國因受到美日歐的國際壓力，對智慧財產權的執行相當徹底，中國將因此受惠。而中國因國力強可以對美日歐的執行要求虛與委蛇，對ECFA 中我國智慧財產權保護的要求豈會特別加以嚴格執行並落實之。因此，我國將不僅未能由此獲利，而且反受其害。
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