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從這些物種當中做取捨有一定的難度。我們必須依事情的輕重緩急來分配資源，畢竟我們沒有足夠的知識與財力拯救所有物種。從經濟學的角度來看，拯救某些物種的代價實在太高了。從科學的角度看，我們必須考量基因、物種或生態體系，去做選擇。
利用生命樹確認物種代表的分支地位，可以讓我們依基因或演化多樣性來支配我們的資源。這種著重基因的作法有利於適應未來環境變遷加速時的狀況。使用這種方法，一些基因上相似、在演化上貢獻較小的物種就可以被捨棄。
稀有動物
倫敦演化獨特性及全球瀕危物種計畫（Evolutionarily Distinct and Globally Endangered，簡稱EDGE）的動物組織則將重點放在乏人問津的稀有動物上，例如一種長達1.5公尺的中國大鯢（學名Andrias davidianus）。過去一億七千萬年來，牠們幾乎是獨立演化的。由於其肉質在中國被視為珍饈，牠們的數量已經減少了80%。若以基因的獨特性做為投資考量，其他那些擁有近親的物種就會被排在這大鯢之後了。
也有保育策略是考慮到物種的立即危險性。物種個體數量減少是很明顯的警訊，活動的地理範圍縮小也具有相同的意義。在這項策略中，受矚目的代表性動物經常會被突顯出來。例如象徵自然的老虎（Panthera tigris）、具有國家代表意義的美國禿鷹（Haliaeetus leucocephalus）或中國熊貓（Ailuropoda melanoleuca）。然而，保護這些受矚目的物種必定會占去拯救其他物種的資源，導致保育資金不成比例的分配。
但抉擇怎麼分配資源往往很不容易。愛丁堡動物園冀望最近引進的熊貓可以為中國熊貓的保育籌募資金，這個方式不但不會瓜分掉原有的大餅，甚至會帶來更多的保育經費。
許多現有的保育政策將焦點放在保護整個生態系，例如雨林和珊瑚礁等陸上或水中生物多樣性豐富的熱門生態系。一旦能維持住一個生態系的運作，其面對新威脅時就擁有更強的韌性。但這種選擇也有它的問題，如果候鳥遷徙棲息的溼地或海龜遷徙的熱帶海灘沒有同時受到保護，牠們的生存依舊會受到威脅。
我們正處在關鍵的時刻，因此有科學家認為應該採取更積極的保育措施，包括協助物種遷徙，也就是將它們搬移到可以確保生存的新地點。在美國，將瀕危的臭雪松佛羅里達榧樹（Torreya taxifolia）移植到北邊的阿帕拉契亞山脈雖然有爭議，但已開始進行。
搬移政策
有人主張，因氣候變遷而被迫遷移的物種的一個理想去處是英國。隨著北極南部逐漸暖化，或許我們也可以考慮將加拿大北極熊（Ursus maritimus）遷移至遠北極（high Arctic）。不過，這樣的搬移主要還是會用在我們較不熟悉但瀕危的植物、昆蟲或其他無脊椎動物。
也有科學家認為，我們只要盡可能保護重要的生態系統及遷徙途徑，剩下的就讓各物種在面對壓力時自行發展出適應的方式。除了科學上的判斷會左右我們在保育上的優先順序外，我們的經濟與政治局勢同樣也有影響。很不幸的，我們目前的經濟處境對這些受到威脅的物種來說並不樂觀。
拯救這些物種的決心在於我們對自然的價值觀。野生生物可以為我們日益城市化的世界帶來驚喜與靈感。或許我們是該考慮花錢來認清野生生物的重要性，以及它面臨的難題。
止住我們的損失並正視它，才是採取行動應有的態度。
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