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祭祀公業係由設立人捐助財產，以祭祀祖先或其他享祀人為目的之團體，源於南宋時之「祭田」，設立之目的在慎終追遠、弔祭祖墓、辦理家祭或宗祠祭祖。
最早的祭祀公業依其團體是否為法人登記，可區分為財團（社團）法人之祭祀公業及非法人團體之祭祀公業，直到民國96年11月21日，內政部基於傳統農業社會結構解體，人際關係疏離，以致派下員為爭奪祀產而訴訟不斷，且祭祀公業設立悠久，受日據影響以致宗譜闕如，系統不明，權利主體認定不易，土地資源未能有效利用，部分稅賦無法徵收，因此制定祭祀公業條例，該條例施行後，祭祀公業得依法向主管機關進行申報、登記為祭祀公業法人，具有享受權利及負擔義務之能力，所以民國97年以後祭祀公業又增加了「祭祀公業法人」之型態。目前祭祀公業分為非法人團體型態、財團（社團）法人型態及祭祀公業法人型態。本文將探討不同型態祭祀公業，其營利事業所得稅、營業稅及派下員綜合所得稅課徵之相關規定。
非法人團體祭祀公業課徵規定
無營利活動免徵營所稅
多年前，筆者曾接獲某祭祀公業的管理人詢問，表示他們接到國稅局查帳通知書，詢問其祭祀公業是否申報83年度營利事業所得稅？因為該祭祀公業有許多土地房屋出租及每年2,000多萬銀行利息，多年來該祭祀公業從未申報營利事業所得稅，因此他們很害怕被補稅及罰款，問筆者該怎麼辦？
看過該祭祀公業資料後發現，該祭祀公業並未成立財團法人，每年有近千萬的租金收入及約2,000多萬利息收入，租金收入及利息收入，在領取時已被給付者扣繳稅款約300元，另外沒有其他收入，依照財政部75年3月21日台財稅第7530447號函釋，未辦財團法人登記之祭祀公業，係依據民間習慣成立之祀產，如無營利活動，僅有土地之收益或財產之處分收入，尚非所得稅法第11條第2項規定之營利事業，應免課徵營利事業所得稅。所以其祭祀公業應符合免課徵營利事業所得稅，既然免課徵營利事業所得稅，已被扣繳的稅款約300萬元應可申請退還；另按照稅捐稽徵法第28條規定，可以申請退還五年內已被扣繳的稅款。該祭祀公業負責人聽了之後非常高興，並委任筆者處理該查帳案件及申請退稅事宜。在與承辦營利事業所得稅的稅務員溝通後，很快地確定該祭祀公業免課徵營利事業所得稅。
至於申請退還五年內被扣繳的稅款，稅務員則要求提示帳冊及憑證，查核是否按照上開函釋規定，祭祀公業之收益及孳息，倘有分配其派下共有人之情事，應以該受益之所得人為對象，由祭祀公業管理人依所得稅法第89條第3項規定，於每年1月底前依規定格式列報所得人姓名、地址、國民身分證號、統一編號及實際分配之收益額，向主管稽徵機關申報，分別歸戶計課個人綜合所得稅。經過筆者與稅務員多次說明與核對，除補報支付派下員些許津貼，補繳其個人綜合所得稅外，最後國稅局退還五年扣繳稅款近1,000萬元，往後每年亦申請退還扣繳稅款數百萬元。
銷售勞務收入應課營業稅
非法人團體之祭祀公業如無營利活動，僅有土地房屋之租金收入，詳前述係免課徵營利事業所得稅。所以許多非法人團體之祭祀公業其房屋、土地出租之租金收入亦未開立發票。但財政部85年11月6日台財稅第851922210號解釋，祭祀公業所有之房屋、土地出租所取得之租金收入，既屬銷售勞務之收入，自應依法課徵營業稅，因此祭祀公業之租金收入，若未開立發票，經國稅局發現，均被補徵營業稅並加罰，即使提出行政訴訟，法官仍採納稅務機關見解，認定非法人團體之祭祀公業，係非以營利為目的組織，仍屬營業稅法第6條之營業人，在中華民國境內銷售貨物或勞務，均應課徵營業稅，故皆判祭祀公業敗訴。
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