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內部控制是一種管理過程，由管理階層所設計，經董事會核准，再由全體員工共同負責推動，藉以合理確保組織目標之達成。近年來，連續發生幾件因內部控制制度缺乏創意思考，導致不但無法確保組織營運效果及效率之提升，反而陷員工於誤觸法網之險境，諸如：公務員詐領休假補助費、機關首長特別費未檢附收據核銷、科學研究經費以假發票報帳等。上開事件均訴說著內部控制若只為管理控制而控制，則其所帶來之後遺症，是相當慘重的，其造成許多員工不慎誤觸法網，面臨檢調約詢以致士氣低落；司法部門訟案辦不完，不得不訴求政治途徑解套；而主管機關最後不得不遷就事實，修改相關之法令規定以為配合。這樣的發展過程，似乎訴說著早知如此結果，當初就不該這樣設計內部控制制度。
內控缺乏創意思考，國民旅遊卡美意盡失
公務員休假補助費係自民國92年起實施，當時發給公務員「國民旅遊卡」，並要求其須在貼有識別標誌的特約商店與飯店刷卡消費，才能請領上限16,000元的強制休假補助費，由於當時規定為「異地隔夜消費並應檢據報銷」，且該制度轉換之初，相關之配套措施匆促上場，所以，特約商店與飯店之家數尚不多，以致有部分公務員覺得此種控制作業十分不方便，乃逕自於93至95年間，以投機取巧之方式，就近於銀樓購買服飾、金飾，隨後退貨換現金，並給該銀樓佣金，此種利用國民旅遊卡「真刷卡、假消費、換現金」詐領休假補助費方式，引來許多公務員模仿，直至該事件爆發後，光是基隆地檢署就曾於96年起訴與緩起訴公務員多達二千多人，由於上開控制缺乏創意思考，造成員工消費不便，以致反彈聲浪很大，後來，主管機關乃將報支之規定，放寬為「跨縣市消費」即可；然而，實施一段時間後，仍發現尚有不方便之聲音出現，只好再度放寬為「只要有旅宿業收據」即可，不再以地域作為控制作業之要件。
近來行政院將對十年前為振興觀光產業，並結合公務員強迫休假，而推出之「國民旅遊卡」制度檢討，認為每一年花政府約70億元預算，且特約商店已擴及美容護膚等其他行業，對原規劃之促進觀光效果，已十分有限，所以今（2013）年底將通盤檢討國旅卡之存廢。
內控標準難符合，首長特別費只好除罪化
機關首長特別費原為各機關學校首長與副首長因公務所需，並經核定有案之特別費，依據行政院規定，其報支仍以檢具原始憑證列報為原則，倘有一部分費用確實無法取得原始憑證時，得依首長、副首長領據列報，但最高以特別費半數為限。然而，執行結果，發現很多首長之特別費支用，無法符合該控制標準，以致造成司法部門堆積許多特別費之訟案，許多機關首長為此而人心惶惶，朝野兩黨只好遷就現實狀況，修改會計法增訂第99條之1，將95年12月31以前之特別費，予以除罪化。
內控作業彈性不足，爆發教授報假帳事件
國科會主管的科學研究經費，最近連續發生部分教授以假發票報帳之情事，且據報導涉入的教授達千人之多，主要原因是科學研究經費報銷之控制作業沒有足夠之彈性，以致許多教授貪圖方便而誤觸法網，中研院院長翁啟惠、臺大校長李嗣涔和清大校長陳力俊曾共同署名聲明略以：「我們相信，這數百位教授中，有少數的確把研究經費不實報銷後中飽私囊…，但絕大多數教授的報帳事情，均是交給助理處理，有這麼多助理便宜行事，以品項不合之發票從事報帳，背後恐怕也有制度上可檢討之處」。
教授以不實發票報帳遭起訴乙案，驚動朝野立委，提案修正「會計法」盼為此難題解套，翁啟惠院長也再度致電立委，希望盡速推動修法。國科會經此事件後，幾經檢討發現原來的控制作業，確有缺乏彈性之處，不得不修訂科學研究經費使用規範，如：放寬流用比率；細項內容與經費調整，由校方認定其合理性；哪些支出品項與研究相關，授權學校與研究機構認定等。由於大學教授以假發票核銷案持續延燒，國科會進而研究是否推出「庫房制度」，比照中研院生物醫學科學研究所、分子生物研究所模式，在校內設立實體或虛擬庫房，讓教授聯合採購碳粉匣、燒杯等常用器材，得以壓低價錢，並透過專職行政人員採買，減少教授直接接觸廠商的機會。
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