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本國或跨國企業都有可能面臨稅務管理的法規遵循風險與管理風險。跨國企業面對的法規遵循風險主要在於子公司未遵循所在地法令規定進行稅務申報的相關實務，其中最容易發生的法規遵循風險，是應依法申報而未申報，或是因誤解法令規定而申報錯誤或未申報等情形。這類情形往往延續多年，因而一旦遭所在地稅局核定追討，常須溯及既往，補稅與受罰金額往往至為可觀。
稅務法規遵循風險也可能來自如何應對稅務主管機關的查核，在有些國家，稅務爭議可能透過與稅局的協商或靠行政救濟解決。管理風險的導因，則為多數企業並未設置專屬稅務風險經理人，或未對稅務風險管理明訂日常作業方式與書面化之控管流程。稅務議題的資訊或處理經驗常因任職人員交接或經驗不足而造成適用法令錯誤或申報錯誤，對企業形成極大潛在風險。
案例說明
跨國企業甲公司在臺灣銷售貨物，並在各地尋找合作商店，甲公司向各合作店（從事服飾銷售）租店面的一部分，同時跟各合作店簽約約定由合作店開出統一發票給消費者。由於合作店僅提供門市場地，但無人事、經營及管理的權限，一切營運皆由甲公司負責，經營主體亦應為甲公司，由其銷售貨物給消費者並收取貨款，國稅局認為應由甲公司開立發票交付買受人。
甲公司採取百貨公司的做法，合作店銷售額為100元，開立100元發票予消費者，收到甲公司開出80元發票作為進項，繳納1元營業稅。甲公司以應收取的貨款100元減去20元租金後，以銷售額80元繳納營業稅4元。
國稅局見解認為，甲公司的銷售額為100元，應開立100元發票消費者，合作店的銷售額為20元，開出20元租金發票當成甲公司的進項。甲公司繳納營業稅4元，合作店繳納營業稅1元。
案例之稅務風險
1.逃漏營業稅額及未依規定給予他人憑證：
甲公司與全國各地合作店簽約設立門市，銷售其自有品牌產品，合作店提供門市場地，但無人事、經營及管理之權限，一切營運皆由甲公司負責，由其自行收款，再從銷售收入撥出約一成一到二成二（等同租金）給合作店，依百貨公司專櫃銷售方式開立發票。
本案例由各合作店開立發票予消費者，共計3,308,069,828元，甲公司再開立2,666,741,302元發票給合作店作為其進項憑證，甲公司所開立的發票金額為各合作店所開立之發票銷售總金額與甲公司使用合作店面之對價租金間差額。
國稅局認為甲公司與各合作店是租用店面販售貨物關係，是房客與房東之間的租賃關係，其合約內容及實際營運情形並不符台財稅字第761126555號函釋（現為09804521880）揭示之百貨公司專櫃銷售型態開立統一發票規定的構成要件，故應由甲公司依營業總額直接開發票給消費者。甲公司銷貨短開發票合計32,066,426元，除補徵逃漏稅額外，依加值型及非加值型營業稅法第51條第3款規定，按所漏稅額處5倍罰鍰。另外，甲公司應開立發票給實際交易對象，未依法給與他人憑證，依稅捐稽徵法第44條規定，依經查明認定之總額2,666,741,302元處5％罰鍰。
2.未依規定取得憑證：
甲公司使用店面所支付予合作店之代價屬租金性質，應由合作店開立發票交付甲公司。亦即甲公司須向合作店索取20元的租金發票，但甲公司卻將應收取之貨款與應給付之租金相互抵銷後，僅就其差額開立發票，未另向合作社取得憑證，違反稅捐稽徵法第44條未依規定取得憑證，依經查明認定之總額處5％罰鍰。
案例之判決結果
本件經大法官釋字685號肯認「最高行政法院87年7月份第一次庭長評事聯席會議決議，關於非交易對象之人是否已按其開立發票之金額報繳營業稅額，不影響銷售貨物或勞務之營業人補繳加值型營業稅之義務部分，均符合加值型及非加值型營業稅法第2條第1款、第3條第1項、第32條第1項前段之立法意旨，與憲法第十九條之租稅法律主義尚無牴觸。79年1月24日修正公布之稅捐稽徵法第44條關於營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得者，應就其未給與憑證、未取得憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰之規定，其處罰金額未設合理最高額之限制，而造成個案顯然過苛之處罰部分，逾越處罰之必要程度而違反憲法第23條之比例原則，與憲法第15條保障人民財產權之意旨有違，應不予適用。」
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