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財政部推動「財政健全方案」稅制調整措施之「所得稅法」修正案，業經立法院三讀通過，並於今（2014）年6月4日經總統公布。一般人認為與營利事業所得稅有關的主要修正內容，係將兩稅合一自「完全設算扣抵制」修改為「部分設算扣抵制」。但是部分設算扣抵主要係針對公司組織的個人股東和合作社的個人社員，將其可扣抵稅額減半，亦即在所得稅法第66條之6「股東（或社員）可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額 × 稅額扣抵比率。」之後增加但書規定「但中華民國境內居住之個人股東（或社員）之可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額 × 稅額扣抵比率 × 百分之五十。」；對於獨資、合夥則另有其相關的重要修正條文，本文將利用兩個釋例來闡述這次稅制變動對獨資、合夥（及其資本主、合夥人）與小規模營利事業的稅務影響。
釋例一：合夥事業之所得稅申報
龍王商號係龍三與王五共同組成的合夥營利事業，兩人的盈餘分配比率為50％：50％。假設龍王商號不合乎小規模營利事業查定課徵之規定（後詳），則民國104年度之盈餘應於105年（曆年制為5月份）自行辦理結算申報，而其結算之營利事業所得額為200萬元；並假設龍王商號於收取104年度利息收入時，曾經取得被扣繳所得稅4萬元之扣繳憑單。試問龍王商號與兩位合夥人應如何報繳所得稅？
解析
申報適用年度
本次所得稅法修正涉及個人綜合所得稅、獨資或合夥組織營利事業所得稅之計算部分，自民國104年度施行，於民國105年申報民國104年度綜合所得稅及營利事業所得稅時開始適用。
應納稅額之計算
龍王商號之應納稅額＝營利事業所得額200萬元 × 營所稅稅率17％＝34萬元。
但所得稅法第66條之6第2項前半段規定「前項納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；…」因此，龍王商號於民國105年5月應自行申報繳納的「應納之結算稅額」為13萬元（34萬元 × 0.5－尚未抵繳之扣繳稅額4萬元＝13萬元）。
請注意，龍王商號民國104年度的營所稅實際總負擔是先前已經被扣繳的4萬元，加上結算申報時補繳的13萬元，總共是17萬元，而不是13萬元而已。認清這一點，有助於瞭解以下關於合夥人綜合所得稅的報繳規定。
此外，值得一提的是，獨資合夥公司在本次修法前，本來只須申報營利事業所得額而不必繳納營所稅；修法後必須負擔應納稅額的一半，其立法理由可見之於「為衡平獨資、合夥組織與公司組織在部分設算扣抵制度下之租稅負擔，爰規定獨資、合夥組織營利事業辦理結算、決算及清算申報時，應繳納全年應納稅額之半數」。
合夥人申報綜合所得稅計算
在合夥人申報綜合所得稅部分，所得稅法第66條之6第2項之後段規定「（前項納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，…）；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。…」
因此，全體合夥人應申報之營利所得為：營利事業所得額200萬元減除全年應納稅額半數（34萬元 × 0.5）後之餘額＝183萬元。亦即，在民國105年5月報繳綜合所得稅時，龍三和王五兩位合夥人應各自申報91.5萬元的營利所得。
核定營利所得額之課徵計算
惟應注意的是，所得稅法第14條在規範「第一類：營利所得」時，包括以下之新修正內容「合夥人應分配之盈餘總額或獨資資本主經營獨資事業所得之盈餘總額，除獨資、合夥組織為小規模營利事業者，…，應按核定之營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額計算之。」
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