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雖然兩大黨都已按照各自提名的時程表進行初選或協調工作，然而合併案卻明顯地影響到選戰布局，及提名人選問題；而即使升格，也有不少包含議員及村里長的地方阻力，將原有體系做大幅翻轉的升格案，已面臨實際運作前反對力量的反彈。
民進黨嘉義縣長陳明文、雲林縣副縣長李應元趕在「地制法」縣市合併合格截止的五月三十一日前，提交計畫書到內政部，成為繼台中縣市、台北縣、高雄縣市、台南縣市、彰化縣、桃園縣之後，最後一個縣市合併案。這些縣市合併案，未來都要由行政院做最後裁奪，影響最大的將是年底縣市長的三合一選戰。
事實上，縣市升格案的確已經影響到藍、綠兩黨在大選的布局，民進黨部分執政縣市首長異口同聲認為，升格遠比縣市長選舉來得重要，也就是升格不能落於人後，否則得背上「升格不力」的罵名，欲爭取連任者更不能因此而丟失選票。國民黨方面，受到地方爭取合併升格案影響，已有台北縣、桃園縣、台中市、台中縣、台南縣、屏東縣等六縣市延至第四梯次。
升格影響選情甚鉅
國民黨在全部七個合併案的十一個應選縣市中，有六個縣市還未確定人選，台中市長胡志強與內政部長廖了以都有基層勸進參選合併後的台中市長呼聲；台北縣長周錫瑋在最近一次媒體民調上又吊車尾，是否要參選連任也有待升格案塵埃落定才會確定；台南縣市由於是綠營票倉，觀看升格案風向者少，完全是意願與實力問題；桃園縣爭取單獨升格，因為是藍營鐵票區以致參選者眾，人選尚未確定。
民進黨方面，有三個縣市未確定，其中台北縣的蘇貞昌似乎在等待合併案與延選問題的解決，不願貿然宣布參選；台中縣是尋覓不到有意願的強棒出馬；桃園縣也因為勝選機會不大，有意參選者寡。然而即使合併案在選前底定，已經被提名的縣市長是否會生變，也許仍有一番爭論。
對於升格案引發的選舉效應，銘傳大學公共事務系教授紀俊臣認為，升格後的縣市層級更高，對於政治人物的參選有更上一層樓的挑戰，是利而非弊。台灣大學政治系教授王業立則表示，如果祇有台北縣順利升格，很容易讓人引發政治聯想，特別是用台北縣來堵住前行政院長蘇貞昌參選之路，都是國民黨必須承受的非議。
民進黨文宣部主任鄭文燦就批評，馬政府在縣市升格方面，充滿選舉考量與政治計算，所以應該要統統升格、不應有差別待遇，否則可能變成今年是窮縣選舉、明年是富市選舉。國民黨副主席兼秘書長的吳敦義表示，儘管升格會影響年底的縣市長提名作業，但一切還是得依地制法規定辦理，也就是決定權在行政院，黨內提名還是依照如期選舉準備。
雖然兩大黨都已按照各自提名的時程表進行初選或協調工作，然而合併案確實會對選戰構成變數。例如台中縣市若來得及合併，胡志強就表示對參選新的直轄市長的確會有所考量；而台北縣長周錫瑋更直言若北縣未能升格，不惜退出政壇，蘇貞昌也曾批評延選是違憲之舉，皆顯示升格案對縣市長選舉影響不小
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