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抗生素的使用會衍生出抗藥性的細菌，已是眾所周知的常識。在人類與細菌對抗的歷史中，人類開發出各式各樣的抗生素，並廣泛用在各種感染疾病的治療、甚至預防。一開始確實是大幅提高了人類感染疾病的治癒率，然而基於天擇，細菌也會衍生出各種嘗試存活的方式，再逐步演化出具有抗藥性的細菌，並在有抗生素存在的環境下，持續大量繁殖。
細菌對抗生素產生抗藥性的機制基本上是由基因控制，這些基因統稱為抗藥性基因。這些抗藥性基因中，有些是某些細菌天生就具有的，也可能是經由質體（plasmid）或跳躍子（transposon）傳遞而從其他細菌得到的。在有抗生素的環境中，自然會將藥物可殺死的細菌個體淘汰掉，而只剩下帶有抗藥性基因的細菌，因此在有抗生素的環境下，就會衍生出越來越多的抗藥性細菌。這就是為何抗生素使用越多的地區，抗藥性細菌的比例越高的主要原因。
濫用抗生素造成抗藥性氾濫
台灣在最近二、三十年經濟發展快速，生活水準提升，抗生素隨著各種藥物快速引進台灣。然而當時台灣的醫藥體系並沒有很健全的管理系統，藥局、藥房可能沒有合格的藥師，到處都可輕易購得抗生素，藥局的老闆會主動推薦顧客購買抗生素服用，甚至早年的藥房會在沒有醫師處方的情況下，為顧客注射強效的抗生素；而一般醫院或診所的醫師，不論病人是否受到細菌感染，動輒開立紅黴素（erythromycin）、安比西林（ampicillin）等處方抗生素給病人服用。
在這段期間，畜牧與水產養殖業也蓬勃發展，在狹小的養殖空間中飼養大量動物，為了促進生長、避免瘟疫，因此在飼料中添加大量的抗生素，有些抗生素在動物身上有促進生長的作用，有些則是用來預防感染。
伴隨濫用而來的後果，就是台灣的細菌有極高比例的抗藥性。筆者在台大醫院的研究團隊從1980年代起，就針對抗生素使用與致病菌的抗藥性以及院內感染問題，進行了許多研究，因此很早就注意抗藥性的嚴重程度。從1990年代初期，陸續也有報告指出人體常見的致病菌中有抗藥性，例如金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）對主要的治療藥物二甲氧苯青黴素（methicillin）類抗生素的抗藥性比例持續快速成長，這種細菌就是著名的抗藥性金黃色葡萄球菌（MRSA）。近年來，台灣醫院中的金黃色葡萄球菌已高達60~80%為MRSA，在全世界名列前茅。而這些細菌可能造成人體任何部位、任何器官感染，簡單者如皮下膿瘍、蜂窩性組織炎，嚴重者如骨髓炎、心內膜炎、菌血症、敗血症等。
另一個例子是最常引起肺炎的肺炎鏈球菌（Streptococcus pneumoniae），原本主要以青黴素或紅黴素類的藥物治療，自從在1991年台灣首度發現肺炎鏈球菌對青黴素具有抗藥性以來，目前該菌抗青黴素的比例高達70%以上，對於紅黴素的抗藥性比例更高達90%以上。
諸如此類對於第一線藥物有極高比例抗藥性的細菌，在台灣比比皆是。為此，我們曾經調查台灣抗生素使用的情形，結果發現，在許多情況下，抗生素確實都有過度使用的狀況，包括一般門診病人中最常見的上呼吸道感染（也稱為感冒），通常是由病毒感染所造成的，無須使用對抗細菌的抗生素，即使用了也沒效，但早年感冒病人超過一半以上都使用了抗生素。
此外，外科手術預防性抗生素也遭到過度使用，幾乎所有開刀的病人從手術前就預防性的使用抗生素，直到出院，甚至出院的時候還要開一些抗生素帶回家吃。事實上，對於大多數的手術而言，預防性抗生素只需在手術前用一劑，最多使用一天即可，後續幾天的抗生素都是不必要的。
為此，台灣藉由改變健保局的規定，限制多種第一線抗生素的給付，加上許多醫療相關單位的努力改善，使得門診中上呼吸道感染及外科手術預防性抗生素的使用，在2001年起減少一半以上。經由這些努力，使得一些細菌對第一線抗生素產生抗藥性的情形略有改善，例如在1998年，61%的A型溶血性鏈球菌對紅黴素有抗藥性，到了2003年下降為17%；2000年流感嗜血桿菌（Haemophilus influenzae）對安比西林具有抗藥性的比例大於77%，到了2004年則降到70%。可見減少使用抗生素之後，抗藥性細菌的比例也隨之降低。
超級抗藥性細菌現身
管制第一線抗生素的使用，雖然使抗藥性的問題稍微減緩，然而病菌對於二、三線抗生素產生抗藥性的問題卻日益嚴重。近年來在醫院裡發生的感染中，有些細菌對於後線抗生素有抗藥性的比例越來越高，且能抵抗多種抗生素，甚至對最後一線的抗生素都有抗藥性，這種細菌稱為泛抗藥性細菌（pan-drug resistant bacteria），台灣已經有了能抗萬古黴素（vancomycin）的MRSA（即VRSA）。另外院內感染中很常見的鮑氏不動桿菌（Acinetobacter baumannii，俗稱AB菌）的情況更嚴重，它對最後一線抗生素「碳青黴烯類」（carbapenem）產生抗藥性的比例，在2002年不到3%，到了2006年提升至32%，短短五年內就增加了10倍。
大約10年前，我們在少數病人身上發現泛抗藥性鮑氏不動桿菌（PDRAB）。得到這種細菌的感染，如同回到沒有抗生素的年代，沒有任何有效的抗生素可治療；病人是否會康復，完全仰賴自身的抵抗力，若演變成菌血症，死亡率會高達60%。這種PDRAB現今在全台灣各醫院都廣泛流行，有些醫院的加護病房中甚至超過40~50%的鮑氏不動桿菌是PDRAB。
醫院是最常發生這些抗藥性細菌感染的地方，但是也有一部份抗藥性細菌的感染發生在社區裡。在台灣，有些社區感染的細菌有很高的比例對第一線抗生素有抗藥性，例如金黃色葡萄球菌造成的社區感染中，有將近40%是MRSA。有些病人一旦發生感染，情況就很嚴重而不易治療。但一般而言，更嚴重的情形是在醫院。醫院裡原本就匯集各種病人，有些病人身上帶著抗藥性細菌，若沒有適當的隔離，這些細菌會傳播給其他人，造成其他住院病人發生感染。住院的病人中，年長、抵抗力不佳者又非常多，是容易發生感染的高危險群，若再加上這些病人使用了一些抗生素，他們身上的環境就更適合抗藥性細菌進駐，甚至再發生感染，或是演化出新的抗藥性病菌。
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