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開發基金投資的藥華醫藥傳出利益輸送、專業經理人違反公司治理一事，董事會一度要撤換總經理，卻因中研院院長翁啟惠的「關心」而翻盤。翁啟惠既非董事也非股東，卻「關心」企業人事案，不免引起爭議。
台灣生技公司在二○○七年政府大放利多的情況下，前途似乎一片看好，不過也因為生技產業過於專業，以至於監督容易疏漏。由行政院開發基金投資二億一千多萬元的藥華醫藥，就傳出爆發專業經理人私領薪資獎金，以及私設海外公司進行利益輸送等情事，該案已引起調查局注意並進行約談。
而藥華董事會雖然多次就總經理林國鐘的適任與否討論，但卻一直沒有處置。據了解，主要原因就在於中央研究院院長翁啟惠的「關心」，一度讓原本要在○七年五月中罷免總經理的藥華董事會會議取消，甚至直接到藥華與一級主管面談。貴為中研院院長的翁啟惠，既非董事，也不是股東，卻「關心」一家企業的人事案，不免引起爭議。
總經理林國鐘內舉不避親
藥華醫藥是一家在○三年成立的生技公司，成立當時資本額為五億元，開發基金和經濟部所屬的耀華玻璃都有投資，持股占股本的三分之一；在○五年藥華第二次增資為九．九億元，開發基金共投資二億一千多萬元。○七年十二月藥華董事會上通過第三次增資案，預計增資六億元。
但是自從藥華成立以來，前後任董事及監察人陸續發現董事長兼總經理的林國鐘有多項業務執行方式未符程序，違反公司法規定、內控內稽制度及公司治理精神等情事。
監察人曾雪如在○七年九月提出，並在十月的董事會中討論，經營團隊自○三年公司成立以來，有多項業務違背公司治理精神，甚至有違法之嫌，例如總經理林國鐘在未經董事會同意下私領薪資、獎金及調整薪資，總計有四百多萬元。有關溢領薪資、獎金事宜，在開發基金召集人何美玥出面要求下，林國鐘已退還三百多萬元。
此外，林國鐘的妹妹林鳳梅和弟媳盧淑靜都不是藥華的員工，但林國鐘還將薪資發放給她們。小股東質疑，這和王令麟的太太蔡咪咪沒到過東森電視美洲台上過班，卻仍支領薪水沒什麼兩樣。
不過，根據監察人在○七年三月底提出的查核報告，藥華內控機制出問題的部分，更顯示自其從成立以來，花了一億多元的二十九項委外研究計畫，竟然全數都沒有驗收資料，其中還有十一個研究案連成果報告都沒有。而據了解，委外的二十九項研究案，多數和藥華發展新藥的三個主軸：輔酵素Q10、抗癌新藥及蛋白質干擾素，幾乎都無關，但這些委外研究計畫中，卻多有關係人交易之嫌。
其中有一筆二千六百多萬元的委託研究案，是和美國JT Pharmaceutical簽約。監察人在九月提出的問題中指出，JT其實是藥華經營團隊在美國設立的Pharma Essentia Research Institute（PRII）另一個別名，經營團隊多人兼任PRII公司職務，但林國鐘卻在○五年底代表台灣藥華和JT的代表Tom Lin簽約，而Tom Lin就是林國鐘的兒子，其既非PRII的負責人，也不是員工。父親和兒子簽完約，JT就此開始承攬台灣藥華的業務，從中抽取採購佣金；還有拿下二千六百多萬元的委託研究案，研究計畫負責人就是Kochung Lin，也就是林國鐘本人，而所有款項的直接受益人，都是藥華經營團隊成員。然而，這些董事會都不知情，一直到監察人進行調查才要求補正，而調查局也對此是否損及藥華股東權益進行調查。
李成家技術股所從何來？
依監察人的查帳報告顯示，在爭取到開發基金的投資之後，藥華董事長兼總經理林國鐘即與健喬信元簽訂六個委託研發合約，將這家法人股東的投資款，以勞務費用方式，退還新台幣四千一百多萬元。而藥華也花了三千二百多萬元的代價向懷特新藥購買「抗暈新藥歐洲地區開發及銷售權」；懷特新藥董事長李成家及其弟，也都另外拿了技術股。
從成立至今四年多，藥華累積帳面虧損達五億多元，九億九千萬元的資本當中，公司現金已經剩不到一億元。當初藥華為達到爭取開發基金投資的門檻，藥華得到兩家上櫃公司懷特新藥及健喬信元的投資承諾，分別為四千萬元及六千萬元。同樣都是投資藥華的大股東，如今藥華淨值只剩下四．五億元，懷特新藥及健喬信元都用別的方式賺回來，真正的冤大頭只剩下開發基金，而這些錢都是來自納稅人。
此外，該公司最主力的產品輔酵素Q10在花了將近五億元之後，在○七年初正式宣告失敗。對於Q10案子的失敗，花了全民資產那麼多錢，至今卻沒有人為此負責。
藥華會發展Q10的案子，主要是因林國鐘全力支持，專案負責人黃正谷在到藥華任職的前一個工作是美國聖地牙哥Optimer Pharmaceuticals（浩鼎生技）公司的資深主管，Optimer這家公司是翁啟惠於一九九八年和張念慈一起創立的公司。
翁啟惠為何如此關切人事？
林國鐘自從藥華成立以來，就同時兼任董事長及總經理職務，一直到○六年下半年，因屢次不執行董事會決議，遭董事會解除董事長職務，專任總經理，董事長由健喬信元董事長林智暉出任。
○七年五月中，因為董事會已掌握林國鐘若干涉嫌圖利的事證，一度要召開會議將他罷免，但卻在會議前一天傍晚，開發基金來電臨時取消。巧合的是，中研院長翁啟惠隔幾天就到藥華，和該公司九位一級主管講話，表示是奉開發基金召集人何美玥的關照前來勸林國鐘下台，但過沒多久，何美玥找了翁啟惠、林智暉、林國鐘及何俊輝等人，在經建會開會，除了關切蛋白質干擾素PEGA的進度，也希望Q10的事情愈快處理完愈好，但最後對於總經理適不適任的問題，則以公司內部看法不一致，而讓林國鐘繼續留任
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