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保育瀕滅絕物種 對抗氣候異常
台灣有兩處國際級的溼地，分別是曾文溪口溼地以及四草溼地，都在台南市行政區域的台江國家公園內。
保育溼地除了可保有原先經濟生產、生物棲地、種源基因保存功能外，也兼具保水抑洪、淨化水質、調節微氣候、穩定海岸功效，並減緩異常氣候變遷的可能危害。台灣是在二○○七年底，內政部營建署委由專家學者依據聯合國拉姆薩公約以及生物多樣化公約的內涵，評選出七十五處國家重要溼地(現在已增至八十二處)。在評分比例中，生物多樣性占五○％、自然性與代表性特殊性占三○％、規劃合理性占二○％。所謂生物多樣性包括：生態體系完整程度、溼地面積規模、食物鏈頂端生物種類、保育類物種生物族群數量，總分要達到八十八分以上才有機會入選為國際級溼地。
曾文溪三角洲 國際級溼地
台灣濕盟前理事長翁義聰，目前擔任濕盟常務理事，接受《新新聞》訪問時指出，台灣目前共計有八十二處國家重要溼地，其中兩處為國際級、四十處為國家級、四十處為地方級，另有一處尚未編定。全台溼地總面積超過六萬公頃，面積最大的溼地是嘉義縣境的朴子溪河口溼地(國家級)，高達八千五百廿二公頃。其次是台中市轄雪霸國家公園內的七家灣溪溼地(國家級)，面積七千二百二十一公頃。排名第三是橫跨台中與彰化境內的大肚溪口溼地(國家級)，面積四千一百三十六公頃。
此外，台灣也有許多迷你溼地，諸如台南市白河國小人工溼地(地方級)祇有○‧四公頃；嘉南藥理科大人工溼地(地方級)、台北市陽明山國家公園內的夢幻湖溼地(國家級)、新竹縣竹北蓮花寺溼地(地方級)，面積也都祇有一公頃。
台灣八十二處溼地中，南部有近五十處，北部因過度開發，溼地較少，而位在高雄市轄內的溼地高達十八處(十二處已公告，六處尚未公告)。各溼地的權責單位除了地方政府，在中央還有營建署、水利署、林務局及環保署。南部溼地物種豐富，因此，成了台灣重要的生物基因庫。
翁義聰指出，台灣最亮眼的兩處國際級溼地就是曾文溪口溼地與四草溼地，都在曾文溪三角洲範圍內，地質肥沃，是人為因素將三角洲切成二處國際級以及三處國家級重要溼地，在三角洲東邊官田有一處水雉復育區(官田溼地)，西邊則是台灣海峽，北邊是鹽水溪口溼地，南邊是七股鹽田溼地(含七股潟湖)。曾文溪口溼地面積三千二百一十八公頃，是野生動物保護區、野生動物重要棲息環境以及國家風景區，主要是海岸自然溼地及小部分人為溼地。
濫抽地下水 導致地層下陷
在曾文溪口溼地內有許多瀕臨絕種與珍貴稀有的鳥類，諸如黑面琵鷺、東方白鶴、遊隼、草鴞等，而每年自韓國飛來此地度冬的黑面琵鷺數量高達全球一半，約有近千隻。這處國際級溼地在一九八九年差一點被台南縣政府列為七股工業區用地，幸被保育團體及時擋下，但爭取劃設為保護區事宜，卻花了十二年才成功。這個溼地內有六科二十二種蟹類、二百種貝類，尤其是「日本酥豆蛤」，還是台灣的新紀錄種。另外，高雄市野鳥學會正在發起挽救全台剩下不到五十隻的草鴞族群保育行動。
翁義聰指出，由於曾文水庫興建，導致沙洲與海堤間的潟湖面積逐年減少，賞鳥人潮帶來大量垃圾、塞車與干擾，這是很大的隱憂。而在ECFA簽定後，台南西部沿海有人大量開闢漁塭養殖石斑，偷抽地下水，這將導致地層再度下陷；更有人在溼地內架設電線桿接電，這也會影響黑面琵鷺飛行，嚴重危害當地國際級與國家級溼地的生態結構。
台灣新種動物 亟待妥善保育
四草國際級溼地面積五百四十七公頃，同樣位於台江內海。一八二三年的一場暴雨氾濫，導致曾文溪改道，台江內海形成一處海埔新生地，同時也將台江內海分成三大鹹水湖，分別是鯤鯓湖(已開發為五期重劃區與安平商港及安平工業區)、四草湖與七股潟湖。四草溼地內瀕臨絕種與珍貴的鳥類和曾文溪口溼地大致相同，除了黑面琵鷺過境度冬，還有百對以上的高蹺 在當地繁殖。
翁義聰還在四草溼地發現軟體動物台灣波浪蛤(薄殼蛤科)、台灣花瓣蛤(沙錢蛤科)，節肢動物如台南祕蛛(鷺蛛科)、大員牙蟲( 牙蟲科)以及盬沼水虻(水虻科)，這些都是台灣新種，全世界第一次發現，相當珍貴；必須妥善的保育，才不至於讓國際級的溼地降等。
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