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一通電話加上後續流程失誤，台大醫院爆發台灣器官移植史最嚴重醫療疏失，甚且可能是全球首例捐贈者是愛滋感染者，卻將其器官植入受贈者體內的事件，把5名病人、數十位醫護人員推入可能感染愛滋病毒恐懼深淵。「這是一件悲劇性疏失，」全球知名愛滋病權威何大一接受媒體採訪時，對台大事件說出重話。
台大愛滋器捐事件，衛生署公布台大有三大疏失：首先，醫檢師跟協調師之間口頭溝通出現失誤；其次，協調師在口頭溝通及記錄之後，沒有上網核對台大檢驗報告，並再次確定。最後，移植小組負責醫師獲得口頭報告後，還應上網查閱再確認台大檢驗報告，不能只依賴登錄中心網站資訊。
這三大疏失將錯誤定調為醫檢師、協調師、與負責醫師所造成的，卻停留在顯性因素層次。看不到組織結構、系統設計與管理決策和文化等隱性因素的檢討。因此事件辭去器捐小組召集人的台大創傷醫學部主任柯文哲便表示，這件事不應只想找人下台負責，而應誠實檢討制度，才能解決問題。
陽明大學醫務管理研究所副教授楊秀儀認為，發生醫療錯誤時，人們往往先問：「誰做錯？」習慣怪罪某個人。個人固然要負責，但更重要的是問：「為什麼？」因為事件經常是背後多重複雜問題導致的結果，找出根本原因（root cause analysis，RCA），方能對症下藥。
缺人、缺錢、缺整合： 器官捐贈是弱勢醫療議題
若不是台大發生愛滋器捐事件，外界恐怕難以了解台灣器官捐贈機制處境艱辛。
一手建立台灣器官勸募系統（Organ Procurement Organization，OPO）的柯文哲說，OPO董事長長期由衛生署副署長兼任，9年內換10個，執行長也是兼職月薪三萬，老闆一直換，怎麼管理得好？
其次，當初為讓醫院加入勸募系統，全台共設立了15個OPO醫院，「每年只做4例移植的也叫OPO，資源分散，就無法有效運作，開會時我一直建議整合，唉！還沒改就出事了，」柯文哲調出OPO會議紀錄搖頭說：「調查委員到台大調查後點名問我有沒有要補充的，我回答：『如果沒有整合，即使這次台大修改了SOP（標準作業流程），其他醫院沒有改，將來跨院做器官移植照樣會出問題。』」
另一方面，政府每年補助器捐和移植5000萬，且費用多給捐贈家屬，醫院獲得的補助有限，人力吃緊。
一位醫師指出，台大雖是全台器官移植數量最多的醫院，卻僅能聘用3位月薪3萬多元的協調師，事發前1位離職，僅剩2位撐著。
人力吃緊問題，在這次事件就爆發。
8月24日那天，台大有七檯移植手術，負責的協調師先到新竹處理這名愛滋器捐者相關事宜，打了上百通電話，也先將病人血液檢體送回台大檢驗室，接到醫檢師電話告知協調師捐贈者的抗愛滋病病毒reactive（有反應）時，協調師複誦negative（陰性），醫檢師僅回答：「自己上電腦看報告。」協調師因為又趕赴台東處理另一位件器捐手術，沒有上網核對檢驗室發出的報告，直到兩天後回到醫院整理病歷才知出錯。
台灣的醫學檢驗用語是否統一？台大對重要檢驗異常的通報機制有無缺失？
楊秀儀認為，專案調查委員應去細查全台的醫學檢驗結果呈現方式，以及檢驗用語是否統一。
楊秀儀拿出自己的產檢報告舉例，檢查結果全是醫學英文和特殊單位的數值，即使數字顯示高出括號裡的正常值，也是黑字呈現，不仔細看根本看不出異常。或者像B型或C型肝炎、愛滋病毒檢查報告用語，是否有統一用語如陰性（negative）、陽性（postive）、有反應（reactive）、無反應（non-reactive）等。
另個疑點是醫檢師看到器捐者有愛滋病毒，為什麼沒有即時提出警告。
一位台大內科資深醫師表示，如果看到捐贈者愛滋病毒陽性，且是事關好幾個重要移植手術，醫檢師應該會緊張到「跳起來」發簡訊、且連打好幾通電話大聲告知移植小組才是，「但醫檢師就只用英文念過去，是看不懂、還是覺得把自己工作做完就好？」
還有一個內情，過去台大的器捐醫學檢驗是外包給私人檢驗單位，在今年通過國際醫療品質認證（JCI）之後，有院內主管力陳為保障品質，應將檢驗作業收回，沒想到今年3月才收回由院內自己做，不到半年就出大問題
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