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美國自從 2003 年 12 月 23 日發現首宗狂牛症案例後，便被世界動物衛生組織（OIE）列入狂牛症疫區國家，她們出口牛肉至他國，得受種種規範，直到自疫區除名為止。一般動物傳染病如口蹄疫，只要一年內不再出現相關病例，即可從疫區除名；然而狂牛症的潛伏期可長達七年，歸入狂牛症疫區的國家要想除名，必須經過七年監控，七年內不得出現狂牛症病例。美國在 2003、2005 及2006 年各發現一個狂牛症病例，因此至少得等到 2013 年才有機會除名。
根據 OIE 所規定的狂牛症監測取樣標準，最低限度是抽檢萬分之一 30 月齡以上的牛隻，若有 50 萬頭，每年必須抽檢 50 頭。狂牛症無法在活牛檢測是否感染，目前檢測狂牛症都用屠宰後的牛腦組織來檢測，方法有腦組織病理切片、酵素連結免疫吸附法、免疫組織化學染色法及西方墨點免疫轉漬法等。
現在常用的篩檢方法是先以腦組織病理切片檢測，即將牛腦切片置於顯微鏡下觀察其是否有空洞化的現象。另也可用生物檢測法，將牛腦的組織檢體注射到測試動物身上，看牠們是否生病。此法優點是可根據潛伏期長短來判斷檢體的感染性有多強，然而檢測費用昂貴、檢測時間長，得耗上 30 多個月才能得到結果。
如有疑似病變，再以免疫組織化學法（immunohistochemistry, IHC）或酵素連結免疫吸附分析法（enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA）來確定。這兩種均是利用抗原、抗體之間具專一性結合的特性，對檢體進行篩檢。前者篩檢法為取牛腦切片組織，以酵素與變性普恩蛋白抗體結合的試劑染色，再從顯微鏡下觀察是否受感染。
酵素連結免疫吸附分析法是將腦組織絞碎，製成乳劑後置於 96 孔的試驗盤內，加入以酵素與變性普恩蛋白抗體結合的試劑，之後，即可以機器判讀是否感染。此法速度快，靈敏度高，目前世界各國均採用此法做篩選檢測。一旦疑似有變性普恩蛋白，會以西方墨點免疫轉漬法做確診。
西方墨點免疫轉漬法是將牛腦乳劑經處理後，滴在可用來分離不同分子量的蛋白的瓊脂膠上，並通入電流，使不同大小的蛋白以不同速度在瓊脂膠上移動，最後如有與變性普恩蛋白分子量相同的蛋白帶出現時，再以酵素與變性普恩蛋白抗體結合的試劑染色，由此判斷是否含有變性普恩蛋白。西方墨點免疫轉漬法是狂牛症最後確診的方法。
美國牛肉的風險
由於已漸漸掌握狂牛症病牛的感染部位，OIE 並沒有禁止疫區肉品出口，只規範曾檢測出變性普恩蛋白的高風險肉品不得進入市場，並建議各進口國「可以自行評估」是否要讓疫區的肉品進入本國，評估重點在於該疫區國家的獸醫體系是否健全、疫情通報是否確實、有無能力控制疫情等。
目前台美牛肉議定書開放品項為：30 月齡以下牛隻的肉及其產品，包括帶骨及不帶骨，而迴腸末端及扁桃腺必須去除，頭顱、腦、眼睛、脊髓原則上不進口，但內臟及絞肉可以進口。美方要求進口的部位，均不包含 OIE 規範的特定風險物質。然而，為什麼許多專家學者對於進口帶骨牛肉、絞肉、牛舌等，這麼反對？
台灣大學獸醫系名譽教授賴秀穗表示，30 月齡以下牛隻，在骨頭、內臟等部位，尚未找到變性普恩蛋白，感染風險相當低；也有各種防範措施，避免消費者吃入變性普恩蛋白，例如早期屠宰牛隻的方式是將空氣打入牛隻腦部擊昏牛隻，空氣壓力會使腦組織碎裂，有可能使普恩蛋白順著組織液或血液進入內臟，該法已禁止使用；現在屠宰場是改用以威力較小的子彈打入牛腦，也有以電擊方式擊昏，再宰殺牛隻等。屠宰後，還要馬上切除高風險的牛腦、脊髓、迴腸等部位，以免污染乾淨的肉品。
儘管如此，它仍存在一定的風險，原因是牛隻從屠宰到封包，有些步驟是由人手操控，過程中不能保證沒有疏漏，尤其像絞肉的製程，若混入周圍神經，或含有 30 月齡以上的牛肉，並不易發現。此外，牛舌根部的扁桃腺若未切除乾淨，也有機會被吃入體內；而內臟可能混進帶有變性蛋白的淋巴組織，骨頭裡的骨髓也可能含有極其微量而無法被檢測出來的變性普恩蛋白，風險相對較高，使得有些專家相當反對進口絞肉、內臟、牛舌等。
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