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台塑六輕內的台化纖維公司、麥寮汽電公司，二○一二年四月控告中興大學環境工程系教授莊秉潔案，十二月二十一日在台北地方法院進行第五次審理。此案歷經八個月，關於莊秉潔言論是否對台塑造成侵權行為，雙方還在細節中打轉，歹戲拖棚沒完沒了。
這起台灣最大企業集團告上學者的官司，一上演就造成轟動，原告是財力雄厚的大企業，被告是一位領薪過日的大學老師，不論財力、勢力、社會影響力都天差地遠。而台塑不只提出相較於這位老師來說的天價求償，還要求登報道歉，加上刑事告訴、假執行聲請，金錢、名譽和財產，幾乎是對人生的全方位追殺。
而最令外界意外的是，台塑舉證莊秉潔發言的場合，多數是在討論國光石化開發案；因國光鄰近六輕又同屬石化業，以六輕設廠經驗去討論國光設廠後可能的環境影響、健康風險，在當時相當普遍，且莊秉潔並非其中最主要的論述者。例如二○一○年八月三日，學界發起反國光石化記者會中，前中研院院長李遠哲認為，如果將興建國光石化的錢拿來發展再生能源，對國家是一個較好的選項。中研院院士陳建仁也建議，在六輕環境及健康影響還未完整了解前，不應興建國光石化。
而台塑在馬英九總統宣布暫時取消國光石化開發案一年後，卻獨獨對莊秉潔提告，莊秉潔收到起訴書時很驚訝：「我只是基於專業做一些建議，怎麼會告我毀謗、求償四千萬元？」二○一二年五月三日台北地方法院首度審理時，法官鄭昱仁也問台塑委任律師吳雨學：「他是針對國光石化，你自己跳出來告人家也很奇怪。」
中研院法律研究所研究員李建良在第一時間就表達，台塑的做法是對莊秉潔人格、尊嚴很大的貶損，特別對長期研究的學者來說是很大的傷害。他認為台塑的目標應該不是莊秉潔，「這很明顯是一個壓制學術自由的訊息。」
吳雨學強調，台塑公司向來尊重學術自由以及研究成果，但不能以提出沒有根據的資料來做為侵害台塑名譽權的依據。莊秉潔委任律師詹順貴則認為，台塑所謂的「侵權行為」具體內容並不明確，莊秉潔的研究都有事實根據，無論如何都不會構成「基於故意或過失去侵害台塑名譽的侵權行為」。
法官鄭昱仁在八月九日第三次審理時，請台塑律師轉告有沒有可能撤告，他認為從莊秉潔的出發點來看，很難說有什麼惡意。他建議，如果台塑提告的目的是為了回復名譽，若能某種程度退讓、並主動宣示未來願意配合多做監測，可能回復名譽的機會更大。
李建良也認為，從六輕一連串大火事故來看，六輕已是台灣工安事件中具有代表性的個案，正常公民都會想對這件事表達關心，更何況莊秉潔又是在這個領域具有專業者，基於社會關懷對此表達看法是很正常的。
他認為，避免工安事故是政府的責任，政府應要求企業在事故後公開資訊，並借重民間學者或專家協助釐清真相。而如果不認同外界的批評，企業其實更有能力去做研究來澄清，用官司反擊不同聲音非但不利企業形象，對社會也將造成負面影響。
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